东野认为自己把加贺安排在《恶意》这个故事里，只是出于直觉，但效果不错。事实上，在加贺出场的前几作中，东野虽然对他的外貌有所著墨，但角色的个性特色并不十分明显，一直要到《恶意》，加贺恭一郎的特色才真正清晰起来──在这个故事的中段，凶手已经出现，但因为加贺对其行凶动机存疑，所以并没有停止调查，坚持到了最后，才揭露了凶手真正的想法。对加贺恭一郎而言，“破案”并不只是找出凶手，而是事件当中各个关系人的互动状态及内里想法，找出让案件发生的“为甚么”；理解这些“为甚么”，才算是真正破案。
在接下来的两部长篇里，东野选择了一个重要的主题来发挥加贺的特色。
首先是二○○六年的《红色手指》。这个故事从上班族前原昭夫加班时接到其妻八重子来电，以为是失智的母亲出事了，返家后却发觉自己的独子直巳不知为何杀了一个小女孩。在八重子的要求下，前田答应协助弃尸，并企图将责任推给失智的母亲；加贺接下这个案子，很快地发现一切另有隐情。《红色手指》的故事一开始便已指出凶手，端看加贺如何抽丝剥茧地破案，但因为事件牵涉到家族成员之间的关系，于是就变得复杂了起来。
到了二○○九年的《新参者》，东野置入更多这类议题。
《红色手指》以一个出问题的家庭为中心，置入几个与之对照的家庭；而《新参者》则以一个独居女性遭勒毙的事件为起点，利用一些与案件并无直接相关，但引起加贺好奇的证据，让加贺在传统老街的各个家庭之间巡游。每个家庭里的事件自成一个短篇，加贺在厘清并协助解决这些问题的同时，也将主线案件朝真相的方向推进。
东野之所以选择“家庭”为加贺的故事主题，有几个原因。
其一是加贺恭一郎自己的家庭背景。从《毕业──雪月花杀人游戏》开始，加贺与父亲之间便存在着一种与寻常父子不同的互动关系；这样的互动让周遭的亲友难以了解，正是加贺面对案件中不同家庭时会遇到的情况。另一个原因，在于家庭成员虽然大多组成简单，但现实生活当中，这样看似一目了然的组织，却与其它社会单位一样充满复杂的利害关系，甚至可能因为血缘与情感的牵址，让成员之间产生更难沟通的状况。东野让执着于探寻问题核心的加贺，进入家庭场景处理这些问题，于是就更具意义。
在二○一一年的《麒麟之翼》里，也能看出这样的主题及元素。
故事开始在接近晚上九点的时候，人潮车流来来往往的日本桥一带。一个男人摇摇晃晃地走近桥头，倒卧在桥头的麒麟铜像下方。附近的巡查本来以为男人是个醉汉，上前查看，才发现男人已经遇刺身亡。在该地方警署服务的加贺和在警视厅搜查一课任职的表弟松宫，一起加入侦办的行列，发现案件疑点重重：这名死者青柳武明遇袭后仍步行了一段距离，是否为了逃离凶手？但他经过位在桥头的派出所时，为何不停下脚步求救？况且，经过调查，这个地区不在青柳上班及返家的日常行动范围之内，那么，青柳到这里来做甚么呢？
疑点在找到嫌犯后，不减反增。
在陈尸现场附近，一名年轻男子冲进马路中间，被卡车撞个正着。警察发现男子身上带着青柳的皮夹，分析这是一起单纯的抢劫逃逸案件，被撞的八岛冬树正是刺死青柳的凶手。这样的推断虽然看来言之成理，但完全无法解释上述疑点；而在八岛不治身亡、同居人中原香织怀孕，以及青柳工作的公司曾因隐瞒职灾问题而解雇八岛的消息曝光之后，舆论则完全转向，将八岛视为企业的牺牲品，青柳反倒成了无良资方的代表。
案件当事人的亲友反应，是东野圭吾时常关注的重点之一。
在《麒麟之翼》里，可以看到台湾读者绝不陌生的记者诱导式问话，以及在真相尚未明朗前，名嘴们就在媒体上争先恐后发言的状况。在这样的推波助澜下，青柳家的成员在面对父亲遇害之后，还得面对同侪的排挤以及舆论的压力；而另一方面，这样的媒体操控，对淳朴善良、坚信八岛不是凶手的中原香织而言，也没有任何帮助。
不仅是单纯地指出这种现象，东野还将这样的桥段与“家庭”主题相互联结。
在青柳身故之后，他与家人之间缺乏沟通的状况浮上台面，妻子不知道他为甚么要在下班后到日本桥一带，子女对他身上带了甚么、在公司做甚么，也几乎都一无所知。这样的情况，让青柳一家在面对众人的疏离时显得讽刺而悲伤，但随着加贺的侦查脚步，青柳与儿子悠人之间的某种联结却开始隐约露出端倪；故事接近尾声时的真相翻转，可能有人会觉得太过突兀，但仔细爬梳先前情节，不难发现，那些加贺一直念念不忘的细微线索，其实不但与真相有关，更指向《麒麟之翼》故事的核心。
这个核心，可称为“起点”。
家庭是个人来到世界的起点、接触社会的起点，也是学习是非善恶的起点，这是家庭这个单位最重要的作用之一。面对悠人与同学们意外酿成的悲剧，青柳武明选择了正面负责的起点，并且在与悠人缺乏沟通的情况下，仍然持续地以实际行动身体力行；虽然真凶的行为难以归咎于他人，但游泳社顾问纟川采取的处理方式成了歪斜的起点，其实对后续造成的悲剧起了一定的影响。
“请您务必教导学生记下正确的公式。”加贺对纟川是这么说的。
用对了公式就能解题，但记错了公式就会一再犯错。面对问题的起点倘若产生偏差，便会行差踏错得愈来愈严重。在《麒麟之翼》这个故事里，东野圭吾仍然使用了包括加贺自己在内的几组家庭关系与案件主角对照，但更聚焦在家庭中对于观念的传承价值。当遇刺的青柳用尽最后的生命，拖着身体到麒麟铜像下方时，不仅是要让悠人想起以“麒麟之翼”为名的网志、进而了解自己的所做所为与来不及沟通的观念，更因麒麟蹲踞之处，正是所谓的“道路元标”，亦即全日本道路的起点。在这个起点如果踏对脚步，就能朝无限可能的未来行去。
这是家庭的价值，也是倒卧在“麒麟之翼”前的青柳，对儿子的最后期许。