黑暗组织反击事件 - File.5线索
------成田书店------
经过一番询问後，警方终於找到两名目击者，名字分别叫星野樱、堂本薰，她们两人都是成田书店的店员，当时正好就在店里做一些整理的工作。於是警方开始针对她们两人询问绑架现场的情形。
目暮警官:「星野小姐、堂本小姐，请问你们能够描述一下当时的情况吗？」
星野樱、堂本薰两人声道：「是的......」
星野：「那个时候我们正在收拾东西，打算打烊了...」
当星野小姐正要接下去说时，新一突然插口问道：「打烊？那么早！我有时候晚点来都还开著啊...」
堂本：「喔...这个啊...那是因为今天停电的关系。今天下午四、五点时，不知道为什么整条街都停电了，更怪的是竟然连电话都不能打，所以大家就纷纷先打烊了！可是我们想说天也还没黑，而且老板也还没回来，就想说晚点再关啊...没想到就在那时候...」
新一不语，似乎在思考什么：「.........」
星野小姐继续说道：「那时我在外头把一些杂志收进来，然後我就看到那位小姐从那边的转角走过来(指著转角)，她後面就跟著两辆车子，随後就有五位穿戴著黑衣、墨镜的男人下了车跟踪著她；等那位小姐正好走到我们店门附近时，那些人就把她包围起来了！我那时很害怕，就跑进店里跟小薰躲在收怠机下...」
堂本小姐也说：「刚开始那位小姐真的很厉害，一下就把那些人给打倒了...可是後来那些人好像用了药把她迷昏...所以就...可是那时我们真的很紧张，实在不敢冲出去叫人来救那位小姐，只好打手机报警了...可是...你们赶来後...就...」从她的话语还依稀可以感觉到她的恐惧。
目暮警官：「就这样吗？没有别的了？他们没有留下任何话或是什么东西吗？」
堂本小姐紧张地说：「真...真的...没有...啊...对吧！...小樱...」
星野小姐道：「是的...就这样...」
目暮警官看她们俩似乎有点奇怪，但也没放在心上，他就继续和现场的几位警官讨论著下一步该如何...不过新一怎么想都不对，总觉得她们俩似乎隐瞒著什么不敢说，於是新一打算自己去问，就在他要过去时，星野小姐和堂本小姐自己走了过来。
星野小姐(小小声)：「对不起！你就是工藤新一吧！？」
新一对她提出的问题有点疑惑，不过他回答说是。
堂本小姐也小声地问：「真的很抱歉！我们刚刚隐瞒了事情...」
新一更觉得奇怪了，他问：「那你们刚才为什么...」
星野小姐回答说：「因为...我妈妈和小薰的姊姊都被那些人抓走了，他们说绝对不能告诉警察，否则他们就要杀了她们...」
说著说著她们俩个人的眼眶都泛满了泪水...新一：「所以你们才找我这个侦探说出实情？」
两人擦了擦泪水，答道：「嗯......」
星野又说：「她们现在在东京湾的货柜区，是那些人要我们跟你说的。」
新一听了这句话，突然想到什么，心里想：「难道他们早就...」
不过新一又立刻说：「好的！我一定会救回她们的，放心好了！」
两人笑了笑，并说：「谢谢！」
新一说完後，就跑了出去
目暮警官：「喂！工藤！你要去哪里？」
新一也不回答，就叫了计程车，往东京湾去了。
目暮警官只好派了高木警官跟一部警车追上去看看究竟，而後面又跟著一部计程车，车上的女孩又是谁呢？
黑暗组织反击事件 - File.6只为了你
------前往东京湾的路上------
新一坐在车上沈思著：
「原来...他们为了向我报复，才特意抓走那两名女孩的家属，这堋说来...成田书店就是他们刻意制造出的绑架现场了...可恶！黑田你这家伙，要报复就找我好了，竟然找上那些无辜的人，连小兰都...」
新一想到小兰，心中就是一阵痛，於是低下头去，喃喃地说：「小兰...抱歉...都是因为我...你才会...我不管怎堋样也要把你救出来...」
新一握紧他的拳头，可以想见他的决心是如此的强烈... ------东京湾某仓库------「啊啊啊~~~」一为妇人和某位少女传出一声声的惨叫。
妇人和少女被绳索绑在墙边，身上布满伤痕，黑田的手下正将手上的皮鞭一道一道地往两人身上抽去，两人只有挣扎、惨叫的份，泪水不断地流下来...「不...不要...住手...不要再打了...」
小兰闭著眼睛大声地喊著，眼眶也不禁泛满泪水。
一旁的黑田举起手来，示意他的手下停手，两个人被打地不断地喘气。
黑田嘴角带著令人畏惧的效益：
「唉呀~小姐！我又不是在打你，你为何要我住手呢？况且，这画面是如此地刺激，你就好好地欣赏嘛！」
小兰生气道：
「你好可恶！竟然欺负俩个手无缚之力的女人，何况她们跟这件事无关啊...」
黑田：「怎堋会无关呢？我为了让工藤新一早点到这儿来，才命令我的手下把她们抓来的；她们俩个就是『成田书店』职员的亲人嘛！只要稍微威胁一下店里的那两人，工藤他就会自己乖乖地来这里了...哈哈哈...」
小兰：「你......」小兰虽然想反他，可是对这种人说道理是没有用的。
黑田：「好啦...那就算了啦...『收工啦』」
手下们：「可是...大哥...」
黑田：「算了！反正小姐不想看了，那就别玩了...再玩下去也没意思...」
小兰心里想：「这个黑田根本把人命当玩具一样，实在是...可恶...要是我现在能挣脱绳索就好了...」
小兰虽然这堋想，却还是没办法...
------东京湾货柜区口------
新一下了计程车，放眼往去，只见一片漆黑，他拿出手电筒，往里面走去，四处寻找小兰被囚禁的地点。走著走著，新一看到某个仓库透出亮光来，他靠近窗户一探究竟，突然一支手搭在他的肩上，新一回头一瞧，原来是高木警官。
新一：「咦？高木警官，你怎堋在这里？！」
高木一五一十地回答了，新一也说明他自己为何前来这儿的原因。
高木警官：「什堋？那黑田那帮人...不就在里面...」
新一点点头。
高木警官随即说：「那我去通知目暮警官...」
新一：「先等等，高木警官，你现在先找个藏身之处躲著，并趁这时联络目暮警官，因为对方的目标是我，所以...」
高木警官：「可是这样你会很危险的...还是等目暮警官他们来在一起...」
新一：「抱歉！为了救小兰，我实在是没法儿再等了！我会注意情况的...」
高木警官：「那好吧！不过你可得小心点...」新一：「嗯！」
於是高木警官就先暂时走了，新一则待在窗户旁窥视著里头的动静。
过了一会儿，一个人走到新一的身後，新一察觉到了，他回头一看，没想是黑田羽人。
黑暗组织反击事件 - File.7晨曦
新一回头一看，没想到是黑田羽人，他带著一股不怀好意的笑意站在离新一不远处，此时的新一只是静静地看著他...两个人相视一会儿，新一首先开口说话：「难道你就是黑田吗？」
黑田笑了笑回答：
「是的！请容我自我介绍一下，我就是之前令你变成小孩子的组织首-黑田羽人，没想到你那么快就来啦！高中生侦探-工藤新一同学。」
新一此时有点抑制不住自己的怒气，大声地说：「废话少说！你把小兰他们藏到哪里去了！？」
黑田从容地说：
「冷静点！侦探先生，你想找的人，就在里面，我带你进去好了...」
新一不解，他竟然如此容易就带自己去找小兰，所以他只是看著黑田转身离去。
此时黑田转过头对新一说：「放心！我是不会随便动手的...」
「只不过...呵呵...」黑田笑著道。
「你说什么...？」